家鸡起源驯化揭开新谜底(2)
20世纪20年代后期，曾有人提出印度的家鸡是在公元前1400年通过北方路线到达中国的，基于俄罗斯曾流传过是蒙古侵略者于13世纪才将家鸡带过去的说法，有人认为欧洲的家鸡是在这之后经由俄罗斯扩散过去的。
在我国，相对可靠的家鸡来源的遗骨可能出现在距今约3600年的内蒙古自治区赤峰市大甸子遗址，因为在此处也同时发现了家养的狗和猪的遗骨；随后在距今约3300年的河南省安阳市殷墟遗址的随葬陶罐里也发现了家鸡的骨骼。基于这些相对可靠的考古学证据，可以推测在东南亚红原鸡传统栖息地被驯化的家鸡，在距今3600-3300年前，通过文化交流的方式到达了我国北方地区。
4 日新月异的研究手段带来了新的希望
进入上世纪后半叶，分子遗传学手段开始被应用于家养动物品种、品系、生态型等的鉴定、分类及其遗传分化关系的评价，其中血液蛋白质（酶）的遗传多样性和线粒体DNA的变异都曾是非常流行的分子标记。国外有关鸡血液蛋白质（酶）遗传多样性的研究始于上世纪60年代，国内自70年代后期也开展了这方面的研究，取得了许多有意义的进展。但因为对样品新鲜程度的要求十分苛刻，实验室分析环节相对繁杂，加上其总体遗传变异极其有限等因素，这方面的研究工作在进入21世纪后基本停止了。
日本皇族皇嗣秋筱宫文仁亲王率领团队在上世纪90年代对泰国的红原鸡指名亚种和滇南亚种、印度尼西亚的红原鸡指名亚种、爪哇亚种和绿原鸡、斯里兰卡的锡兰原鸡以及印度的灰原鸡的线粒体DNA控制区变异进行了比较分析，发现红原鸡的遗传多样性非常丰富，但除爪哇亚种之外的其他红原鸡亚种之间没有明显差异；而家鸡与红原鸡指名亚种的差异也非常小，为此，他们提出了所有家鸡品种是由红原鸡指名亚种的大陆种群单一驯化而来的观点。
进入本世纪后，由中国科学院昆明动物研究所牵头的合作研究团队，通过对更大范围的红原鸡和家鸡线粒体DNA控制区遗传变异的比较分析，表明驯化家鸡的不同母系可能起源于南亚、东南亚以及中国南部的广大地区，涉及多次驯化事件。
5 全基因组大数据的最新诠释
虽然基于线粒体基因组分析所提出的家鸡驯化多起源学说在一定程度上获得了认可，然而有些学者对红原鸡五个亚种存在的真实性及其分类地位产生怀疑，例如，是否有些红原鸡亚种可能是由当地家鸡野化而来的呢？
本世纪开始兴起的全基因组DNA测序技术及其能提供的海量遗传信息，为人们全面认识人类的起源和进化以及动植物的驯化过程提供了全新的视角。
我们最近发表的这篇研究论文，首次系统地对分布于欧洲、南亚、东南亚和东亚的地方鸡品种和所有四种原鸡以及红原鸡五个亚种在内的863个样本的全基因组进行了测定和深入分析，这是目前为止有关家鸡的驯化历史及其在人工选择条件下遗传重塑的最大尺度的基因组学研究。我们首先发现四种原鸡以及红原鸡的五个亚种相互之间均存在明显的遗传分化，它们都是独立可靠的动物学分类单元，而并非有人所怀疑的家鸡野化而成的野生种群，这为我们进一步探讨哪个野生原鸡种群是驯化家鸡的祖先等问题奠定了基础。
通过比较家鸡和原鸡的遗传关系，我们发现家鸡的主要直系祖先是现今分布于中国西南、泰国北部和缅甸等地的红原鸡滇南亚种，而并非其他亚种的红原鸡，否定了之前关于家鸡在中国北方和印度河流域驯化的观点。随着人类的迁徙和贸易活动，驯化后的家鸡首先被携带到东南亚和南亚，进而与分布在那里的红原鸡的其他亚种以及原鸡的另外三个种发生了不同程度的杂交，这种基因渗透推动了家鸡对新环境的快速遗传适应，并丰富了其独特的行为、形态和繁殖性状。
